典型病例诊断一般无困难，主要依据有：
一、青壮年患者有原因不明的发热、持续两周以上，伴有盗汗，经一般抗生素治疗无效者；
二、有结核密切接触史或本人有肺结核其它肠外结核者；
三、腹壁柔韧感，有腹水或可触及肿块者；
四、血沉增速，腹水为渗出液；
五、X线胃肠钡餐检查发现肠粘连等征象。
由于本病的临床表现常不典型，往往给诊断带来困难，误诊率较高，国内报告达14％，约有四分之一病人经剖腹探查、腹腔镜检查或尸检才确诊，因此应认真进行鉴别诊断。
一、与有腹水的疾病鉴别
①肝硬化失代偿，患者有肝功异常、门脉高压、脾功亢进、肝病面容及蜘蛛痣等表现。腹水为漏出液。典型病例不难鉴别，但需注意肝硬化腹水的病人有时可合并结核性腹膜炎；②癌性腹水多为血性腹水，反复腹水检查可找到瘤细胞；③其它缩窄性心包炎、肝静脉阻塞综合征均可产生腹水，但二者均有相应的心包和肝脏体征，腹水顽固难消。
二、与发热为主要表现的疾病鉴别
结核性腹膜炎有稽留热时需与伤寒鉴别。伤寒常有表情淡漠、相对缓脉、血清widal及反应及血培养阳性。
三、与腹痛为主要症状的疾病鉴别
应注意与克隆病、慢性胆囊炎、慢性阑尾炎、消化性溃疡、异位妊娠等疾病鉴别。合并有肠梗阻、穿孔及腹膜炎时，应与其它原因引起的急腹症鉴别。
四、与腹块为主要体征的疾病鉴别
本病有时与卵巢囊肿、结肠癌、卵巢癌等恶性肿瘤相混淆，应注意鉴别。
