真菌一般比细菌大几倍至几十倍，用普通光学显微镜放大几百倍就能清晰地观察到。按形态真菌可分为单细胞和多细胞真菌两类：

　　单细胞真菌称为酵母菌（yeast），呈圆形或卵圆形，直径为3μm～15μm，以出芽（budding）方式繁殖，芽生孢子成熟后脱落成独立的个体。能引起人类疾病的有新生隐球菌和白假丝酵母菌等。

　　多细胞真菌称为霉菌（mold）或丝状菌（filamentousfungus），由菌丝（hypha）和孢子（spore）组成，菌丝与孢子交织在一起。各种霉菌的菌丝和孢子形态不同，是鉴别真菌的重要标志。

　　真菌的结构组成包括营养体、繁殖体。此外，有些低等真菌如根肿菌和壶菌产生的有性孢子是一种由游动配子结合成合子，再由合子发育而成的厚壁的休眠孢子。